Entsprechend der Aufgabenstellung der Bibliothek ist schwerpunktmäßig der Bestand an musikpädagogischer Literatur und Instrumentalschulen ausgebaut. Ein ebenso wichtiger Teil der Notensammlung ist das instrumentale Zusammenspiel von der Kammermusik bis zu diversen Orchesterbesetzungen. Über 100 laufend bezogene Zeitschriftentitel garantieren den aktuellen Informationsstand.

Noten werden seit 1992 in einer Datenbank erfasst. Sie enthält alle Neuzugänge und die in die Repertoireverzeichnisse aufgenommenen Titel und steht auch den Benutzern als Katalog zur Verfügung. In die Datenbank integriert ist ein Komponistenverzeichnis, das biographische Kurzangaben zu rund 12.500 Komponisten bietet.

Seit 1994 werden in zwei weiteren Datenbanken Tonträger, audiovisuelle Medien und Bücher erfasst. Der Bestand an Compact Discs, Musikkassetten, Videos, CD-ROMs und DVDs ist vollständig katalogisiert. Die Bücherdatenbank enthält den gesamten Buch- und Zeitschriftenbestand.

Die Bundesakademie erhielt durch Schenkungen Nachlässe, deren Bestände und Werke für die Laienmusik von besonderer Bedeutung sind:

Das Archiv Hermann Ambrosius (1897-1983, Komponist) umfasst Kompositionen von Ambrosius für instrumentale und vokale Kammermusikbesetzungen und für Zupforchester. Die knapp 700 Werke sind in der Notendatenbank enthalten und im Werkverzeichnis. Archiv Hermann Ambrosius, Hamburg, Musikverlag Trekel 1998 dokumentiert.

Die Sammlung Konrad Woelki (1904-1983, Komponist und Musikpädagoge) umfasst Werke des Komponisten und Bearbeitungen für Zupfinstrumente und Zupforchester, außerdem Zeitschriften und Dokumente zur Geschichte der Zupfmusik.

Im Jahre 2000 konnte das Archiv von David Whitwell, Los Angeles, übernommen werden, das wichtige Ergänzungen der Bibliotheksbestände im Bereich Noten und Bücher zur Geschichte der Blasmusik / Band Music enthält.

Der Nachlass von Lukas Haug (1921 - 1992) wurde im Jahr 2006 in das Archiv der Bibliothek aufgenommen. Er umfasst sowohl veröffentlichte Kompositionen als auch unveröffentlichte Manuskripte von Lukas Haug aus den Bereichen Vokalmusik, Orgel, Blasmusik, Musik für Kinder u.a. sowie einige Monographien.

Den Nachlass des deutschen Komponisten Paul Kühmstedt (1908- 1996) erhielt die Bundesakademie im Jahr 2008 zur Aufnahme in ihr Archiv. Er enthält Druckausgaben und Manuskripte aus dem persönlichen Besitz des Komponisten.

Im Jahr 2009 konnte die Bundesakademie den Nachlass des deutschen Komponisten Hans M. Hauswirth (1901 - 1979) vom Musikverlag Preißler übernehmen. Er enthält ausschließlich unverlegte Kompositionen und Bearbeitungen von Hans M. Hauswirth.

Weiterhin unterhält die Bundesakademie das von Prof. Hugo Noth gegründete Manuskriptearchiv Akkordeon-Solo und Akkordeon-Kammermusik. Diese unveröffentlichten Kompositionen sind im Notenkatalog nachgewiesen; 2004 wurde ein neues, aktualisiertes Verzeichnis des Manuskriptearchivs nach bibliographischen Gesichtspunkten erstellt. Die Noten sind als Archivkopien käuflich erwerbbar, ein Prospekt ist erhältlich.

Das Archiv Siegfried Behrend umfasst Korrespondenz und weitere Dokumente.

Die Sammlung Dr. Hermann Moeck und Bestände der Bibliothek von Prof. Guido Waldmann wurden in das Archiv aufgenommen.

Das Zeitschriftenarchiv enthält neben den alten Jahrgängen der laufenden Titel einen Bestand von 230 abgeschlossenen Musikzeitschriften. Den Grundstock bildeten dabei die Sammlung des Moeck-Verlages und die Bibliothek von Guido Waldmann, die als Schenkung in das Archiv eingearbeitet wurde. Sämtliche Zeitschriftentitel sind mit den vorhandenen Jahrgängen in der Bücherdatenbank verzeichnet.

Daneben beherbergt die Bundesakademie die Archive der Mitgliedsverbände Deutscher Musikrat, European Guitar Teachers Association, Deutscher Harmonika-Verband, Deutscher Zithermusik-Bund und Deutsche Viola-Gesellschaft sowie die Archive "Neue Kammermusik" und "Leopold" des Verbandes deutscher Musikschulen.